Музей истории города Улан-Удэ был создан 10 декабря 1999 года Постановлением Администрации города Улан-Удэ. В июне 2000 года музей начал работать по адресу ул. Свердлова, 13. В марте 2001 года мэр города Улан-Удэ выделил для музея дом купца потомственного почётного гражданина Ивана Флегонтовича Голдобина в исторической части города по адресу ул. Ленина 26. С сентября 2001 года по июнь 2004 года восстанавливался исторический вид внутренних помещений дома.
Иркутский купец I-ой гильдии И. Ф. Голдобин приобрёл усадьбу в центре Верхнеудинска в 1879 году. Усадьба была перестроена по чертежам Н. А. Паув. В 1880 году началась перестройка надворных строений. По проекту 1888 года в усадьбе построен одноэтажный деревянный дом (ул. Ленина, 26), каменный флигель, водочный завод с подвалом (не сохранились). 21 июня 1891 года в доме Голдобиных останавливался наследник престола Николай II, возвращавшийся из кругосветного путешествия.
В 1892 году после смерти И. Ф. Голдобина владелицей усадьбы стала его жена Елизавета Ивановна Голдобина (позже Кукель). В 1890-е годы Елизавета Ивановна переехал в Киев, а владельцем усадьбы стал сын Ивана Флегонтовича — Николай Иванович Голдобин.
После Октябрьской революции дом был реквизирован по решению Совета рабочих, крестьянских и солдатских депутатов. В годы Советской власти в доме располагались различные учреждения, некоторые помещения использовались как жилые квартиры.
9 июля 1996 года Постановлением Правительства Республики Бурятия дом был объявлен памятником архитектуры и градостроительства.
В музее демонстрируются экспозиции, связанные историей Верхнеудинска и Улан-Удэ.
